Вы задачу опишите по человечески для начала.
Я лично понял следующее:
У вас установлено 2 жестких диска с накопителе. При этом каждый в режиме basic. То бишь рейда у вас нету.
При этом синхронизация с ПК при помощи CloudStation вы настроили в папку общего доступа, расположенную на первом диске.
Там же у вас хранятся важные данные.
И вы хотите, сделать по сути автоматический бэкап нужных данных на второй диск.
И вот относительно этого последнего пункта я вам и отвечаю.
Зайдите в DSM и выберите пункт "резервирование/восстановление", там есть все настройки для резервированию нужных вам папок по расписанию.
http://pix.academ.org/img/2013/04/23/ab486a4d84ed0592c46efde26399a278.png
Если я что-то не так понял, то извините - телепатией не обладаю.