Встроенный Time Backup ругается на то что нельзя в один и тот же раздел делать backup и просит выбрать другой....
И это правильное требование.
Резервная копия не должна зависеть от физического носителя на котором исходные данные.
Иначе это фуфло, а не резервная копия.
как можно настроить backup
Для Time Backup необходим другой раздел. причем форматированный в EXT3 или EXT4.
Самое простое в Вашей ситуации: приобрести еще внешний жесткий диск, подключаемый по USB3.0, подсоединить его к Вашему синолоджи (если разу не определиться, придется перегрузить NAS). После чего отформатировать его в EXT3 или EXT4 (рекомендуется именно EXT4, если хотите чтобы сохранялся также ACL). Вы получаете новый раздел, на который уже можно бэкапировать.
Прикиньте, сколько у Вас будет храниться данных на Насе, увеличьте это значение в 1,3 раза, скажем, чтобы был запас по истории версий. Таким образом получаете необходимую емкость внешнего USB-жесткого диска. Если одного диска мало, то либо создать два задания в таймбэкапе для двух разных внешних дисков... либо купить сразу DAS на несколько дисков.
UPD.
По результатам наблюдений за работой пакета TimeBackup -
есть особенности применения этого пакета, подробнее об этом тут:
http://www.synology.forum/index.php?showtopic=4923