Ну можно сделать 2 независимых. Просто после того как вы установите систему на 2Т винт в нем создастся папка для скаченного из сети. И все будет качаться по умолчанию в нее. Когда воткнете второй винт, то можно будет скачивать на первый и потом переносить на второй штатными средствами без того, чтоб раздача прекращалась (личного опыта нет, пишу из того чтоб понял по постам пользователей на форуме).
У меня стоит трансмишн и в нем можно указать куда конкретно качать на какой винт и все такое. Так можно качать без переноса - просто на второй винт сразу.
Отлично, тогда у меня еще несколько вопросов:
1. После добавления в NAS второго винта что надо сделать, что бы было 2 независимых?
2. Почему Вы используете transmission, а не стандартую качалку?
PS Решил если так, то я ставлю во второй(!!!) BOX новый 2 Tb винт, перелеваю на него инфу, потом ставлю в NAS первый, на него ставлю систему, потом залеваю на него инфу со 2 Tb, ставлю 2й винт и, потом переношу информацию с первого на второй, таким образом получаю всю информацию на 2tb, а первый использую под систему и torrents.