Если переименовать папку, то все пашет отлично. Запущен пакет или остановлен - не важно. )
Через минут 10 напишу в чём была проблема и как решать

Тут какая-то проблема или с кешированием php или что-то еще. У меня, например, папка phpMyAdmin никак не хочет грузиться. А если переименовать, то грузится. 
Проблема появилась в новой прошивке под пунктом:
16. Web Station Enhancement: Added PHP cache option.
http://forum.synology.com/enu/viewtopic.ph...ache+apc#p66592
То-есть идёт кеширование и как очистить этот кеш надо еще будет поискать. пока этим и занимаюсь 
**********************************************************
Чтобы спровоцировать этот глюк надо сделать такое:
По-новому установить систему на Synology (новая прошивка)
В меню Веб-службы выключить - Включите кэш PHP, так как оно включено по умолчанию.
Устанавливаю phpMyAdmin и появляется папка именно такого названия и всё нормально грузится и работает.
Далее для примера делаем .htaccess с кодом внутри RewriteEngine On (пока у нас в Apache не включено FollowSymlink)
И после этого у нас естественно не будет грузиться папка http://www.site.ru/phpMyAdmin. Но если наш .htaccess переименовать, например, на .htaccess2, то phpMyAdmin снова нормально загрузится.
НО, если всё что мы только что проделали сделать с включеным режимом: Включите кэш PHP, то страница ошибки которая нам отдаётся - закешируется и потом уже постоянно будет отдаваться.
Выход: очистить кеш, но где еще не понятно.