Внимательно почитав другие ветки этого форума (спасибо, в первую очередь, http://www.synology.forum/index.php?sho...post&p=625), кажется разобрался как обновить торрент во встроенном Download station (правда, для этого придется поставить и воспользоваться Midnight commander - http://www.synology.forum/index.php?showtopic=38 или чем-то подобным):
1. В Download station поставить на паузу старую версию торрента.
2. В Midnight commander создать где-нибудь на диске папку (например, папку "/volume1/Temp"), не являющуюся целевой в настройках Download station (т.е. не являющуюся подпапкой той, что указана в "Место назначения" в Download station ).
3. В Midnight commander перенести (move) ранее скачанные файлы торрента из папки, куда они скачались, в созданную папку Temp.
4. В Download station удалить старую версию торрента.
5. В Midnight commander найти в каталоге /volume1/@Download папку с номерным именем типа /volume1/@download/N/ с файлами от старого торрента и удалить ее целиком.
6. В Download station создать новую версию торрента и, как только начнет качаться, поставить на паузу.
7. В Midnight commander найти в каталоге /volume1/@Download папку с номерным именем с файлами нового торрента типа /volume1/@download/N/ и удалить в ней fastresume.torrent
8. В Midnight commander перенести в папку нового торрента типа /volume1/@download/N/ из Temp ранее перенесенные туда файлы от старого торрента.
9. В Download station возобновить новую версию торрента. Она пройдет проверку, найдет все ранее скачанное, и начнет качать только новое.
Долго и муторно, но у меня заработало.