При инициализации первого диска, когда Вы настраивали систему, нужно было указать "Тип RAID" - JBOD (just batch of disks), что в переводе означает "просто пучок дисков".
По умолчанию система поставила тип RAID - SHD (Synology hybrid raid), что является гибко расширяемой версией RAID1.
Вот Вы вставили диск #2 и ситема просто расширила том.
1. просто выньте диск №2 и удалите разделы на нем.
2. в DS войдите в диспетчер хранения и попробуйте поменять тип раздела с SHR на JBOD.
3. установите второй диск и расширьте том.
4. если это не получится, то придется заново настроить систему, сбросив все в ноль и указать тип RAID - JBOD.